Молодой программист Кевин Флинн создаёт необычные и новаторские компьютерные игры для корпорации ENCOM. Но все разработки ворует его коллега Эд Диллинджер, после чего получает повышение, а самого Флинна увольняют. Тот пытается найти доказательства своих прав на игры в системе компании, но все попытки пресекает программа Мастер-Контроль, давно уже вышедшая из-под контроля Диллинджера. 

Флинн с помощью близкого друга Алана и его девушки Лоры проникают в корпорацию, чтобы выкрасть нужные файлы. Но Мастер-Контроль «оцифровывает» Флинна и переносит его в мир «системы», населённый программами. Этот мир построен по принципу тоталитарного общества. Всем командует Мастер-Контроль и его помощник Сарк (цифровой двойник Диллинджера). Они отлавливают программы, которые отказываются подчиняться, и устраивают гладиаторские бои с их участием. 

Флинн с помощью программы-защитника Трона (двойник Алана) должен избавить систему от командования Мастер-Контроля и выбраться в реальный мир